CAP3 http://doua.prabi.fr/software/cap3

CAP3 es una herramienta que permite la obtención de los contigs correspondientes al ensamblaje de un grupo de secuencias o fragmentos dados que se solapan.

Huang, X., & Madan, A. (1999). CAP3: A DNA sequence assembly program.Genome research, 9(9), 868-877. [Leer]

 

 

 

SEQUENCE MANIPULATION SUITE http://www.bioinformatics.org/sms2/

Sequence Manipulation Suite es una herramienta muy versátil que posibilita el análisis de secuencias, la creación de otras nuevas de forma aleatoria a nivel de DNA y de proteína y enlaza a bases de datos como Ensembl o Genbank. En este caso se usará para caracterizar los contigs

Stothard, P. (2000). The sequence manipulation suite: JavaScript programs for analyzing and formatting protein and DNA sequences. Biotechniques, 28(6), 1102-1111. (No disponible)

 

 

 

 

ENDMEMO http://www.endmemo.com/bio/gc.php

Endmemo es una herramienta que permite el cálculo del contenido de GC y la longitud de una secuencia de DNA

 

 

 

 

CENSOR http://www.girinst.org/censor/

Censor es una base de datos de transposones que permite su identificación y enmascaramiento en secuencias genómicas.

Kohany, O., Gentles, A. J., Hankus, L., & Jurka, J. (2006). Annotation, submission and screening of repetitive elements in Repbase: RepbaseSubmitter and Censor. BMC bioinformatics, 7(1), 474. [Leer]

 

 

 

 

MICROSATELLITE REPEATS FINDER  http://www.biophp.org/minitools/microsatellite_repeats_finder/

Herramienta para la búsqueda de secuencias microsatélite, que son copias de di, tri, tetra y pentanucleótidos adyacentes uno del otro.

Bikandi, J., San Millán, R., Rementeria, A., and Garaizar, J. 2004. In silico analysis of complete bacterial genomes: PCR, AFLP-PCR, and endonuclease restriction. Bioinformatics 20:798-9. [Leer]

 

 

 

 

TANDEM REPEATS FINDER http://tandem.bu.edu/trf/trf.html

Tandem Repeats Finder es un programa que permite localizar y mostrar las repeticiones en tandem dentro de las secuencias de DNA introducidas por el usuario.

G. Benson. (1999).Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences.Nucleic Acids Research, 27(2), 573-580. [Leer]

 

 

 

EXPAXY TRANSLATE http://web.expasy.org/translate/

Translate es una herramienta que permite la traducción de una secuencia nucleotídica (DNA/RNA) a secuencia de aminoácidos presentando las seis pautas de lectura posibles y señalando los posibles ORF alojados en éstas.

Artimo, P., Jonnalagedda, M., Arnold, K., Baratin, D., Csardi, G., De Castro, E., ... & Stockinger, H. (2012). ExPASy: SIB bioinformatics resource portal.Nucleic acids research, 40, 597-603. [Leer]

 

 

ORF Finder http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

La herramienta ORF Finder (Open Reading Frame Finder) es una herramienta de análisis gráfica que encuentra todas las pautas de lectura abiertas a partir de un tamaño mínimo especificable en secuencias de los usuarios o secuencias registradas en las bases de datos.

Sayers, E. W., Barrett, T., Benson, D. A., Bolton, E., Bryant, S. H., Canese, K., ... & Ye, J. (2011). Database resources of the national center for biotechnology information. Nucleic acids research, 39(suppl 1), 38-51. [Leer]

 

 

BLAST.http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

La herramientra BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) realiza alineamientos locales entre especies tanto a nivel de nucleótidos como de proteínas y calcula además la significancia estadística de dichos alineamientos. Puede emplearse para inferir relaciones funcionales y evolutivas entre secuencias además de ser una herramienta de ayuda para la identificación de miembros de familias de genes.

Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W., & Lipman, D. J. (1990). Basic local alignment search tool. Journal of molecular biology, 215(3), 403-410. [Leer]

 

 

ENSEMBL http://www.ensembl.org/index.htm

El proyecto Ensembl produce bases de datos de genomas de vertebrados y otras especies eucariotas y hace que esta información esté disponible gratis online.

Ensembl 2014.

Flicek P, Amode MR, Barrell D, Beal K, Billis K, Brent S, Carvalho-Silva D, Clapham P, Coates G, Fitzgerald S, et al.(2014).Ensembl 2014 (Database issue). Nucleic Acids Research. 42, 749-755. [Leer]

The Ensembl genome database project

Hubbard, T., Barker, D., Birney, E., Cameron, G., Chen, Y., Clark, L., ... & Clamp, M. (2002). The Ensembl genome database project. Nucleic acids research, 30(1), 38-41.[Leer]

 

 

 

ENSEMBL METAZOA http://metazoa.ensembl.org/index.html

El proyecto Ensembl Metazoa presenta la misma idea que Emsembl, pero se centra en invertebrados.

Ensembl Genomes: Extending Ensembl across the taxonomic space

Kersey P. J., Lawson D., Birney E., P. S. Derwent,  Haimel M., Herrero J., Keenan S., Kerhornou A., Koscielny G., Kähäri A., Kinsella R. J., Kulesha E., Maheswari U.,  Megy K., Nuhn M., Proctor G., Staines D., Valentin F., Vilella A. J., and Yates A. Ensembl Genomes: Extending Ensembl across the taxonomic space. (Database issue). Nucleic Acids Research. 38, 563-569. [Leer]

Ensembl’s 10th year

Flicek P., Aken B.L.,  Ballester B., Beal K. ,  Bragin E.,  Brent S., Chen Y., Clapham P., Coates G. , Fairley S., Fitzgerald S., Fernandez-Banet J., Gordon L. , Gräf S. , Haider S. , Hammond M., Howe K., Jenkinson A., Johnson N., Kähäri A., Keefe D., Keenan S., Kinsella R., Kokocinski F., Koscielny G., Kulesha E., Lawson D.,  Longden I., Massingham T., McLaren W., Megy K., Overduin B., Pritchard B., Rios D., Ruffier M., Schuster M., Slater G., Smedley D., Spudich G., Y. A., Trevanion S., Vilella A, Vogel J., White S., P. Wilder S. P., Zadissa A., Birney E., Cunningham F. , Dunham I., Durbin R., M. Fernández-Suarez X.M., Herrero J., Hubbard T.J.P., Parker A., Proctor G., Smith J., and  Searle S.M.J. Esnsembl’s 10th year. (Database issue). Nucleic Acids Research. 38, 557-562. [Leer]

 

 

 

 

CLUSTAL W2 http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

Clustal W2 es una versión del programa Clustal que permite alinear secuencias a nivel de DNA y de proteína resaltando los polimorfismo presentes y la relación filogenética entre dos o más secuencias

Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG. Clustal W and Clustal X version 2.0.Bioinformatics. 2007 Nov 1;23(21):2947-8. [Leer]

 

 

 

PRIMER3PLUS http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi

Primer3Plus es una herramienta que nos permite el diseño de primers para amplificar una secuencia de interés.

Untergasser, A., Nijveen, H., Rao, X., Bisseling, T., Geurts, R., & Leunissen, J. A. (2007). Primer3Plus, an enhanced web interface to Primer3. Nucleic acids research, 35(suppl 2), W71-W74. [Leer]

 

 

 

UNIPROT http://www.uniprot.org/

Uniprot es una base de datos que almacena información ontológica referente a proteínas y las secuencias génicas que las codifican.

Hinz, U., Uniprot Consortium. (2010). From protein sequences to 3D-structures and beyond: the example of the UniProt knowledgebase. Cellular and Molecular Life Sciences, 67(7), 1049-64. [Leer]